冷凍干燥機的控制系統類型及功能各異，對于實驗真空冷凍干燥機，主要應用于物料的凍干工藝摸索和少里試生產。因此，控制系統應可實時顯示凍干過程參數并自動記錄﹔設定﹑修改及有效地執行凍干工藝程序﹔具備通訊接口，便于數據采集﹑保存。
極限真空度體現冷凍干燥機的泄漏情況及真空泵的抽氣效率。凍午箱的真空度，過去的觀點認為真空度是越高越好，現在的觀點認為真空度應在一個合理的范圍之內。真空度太高了，不利于傳熱，干燥速度反而下降，但無論如何凍干箱的空載極限真空度應達到15Pa以上。
冷凍干燥機制冷系統銅管斷裂可能會導致氟利昂泄漏:
凍干機的制冷系統由于壓縮機運行時振動，以及開關機時的沖擊振動，很容易造成焊接部位及锏管局部薄弱部位裂縫。杜絕此類問題的發生，主要是要大限度的臧少振動。
冷凍干燥機的漏油事故分析:
產生原因:
1.轉軸、油窗﹑放油孔等部位的密封圈損壞或裝配不正確；
2.進氣口壓強過高﹔
3.油里過多,產生噴油;
4.排氣蓋下面的擋油網裝反，引起噴油。
排除方法:
1.更換密封圈或重新裝配;
2.設法減少進油里;
3.放出一部分油﹔
4.重新裝配。
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